วันที่ 21 มิถุนายน 2561 เวลา 11 .00 น. กองทัพภาคที่ 3 ค่ายสมเด็จพระนเรศวรมหาราช อำเภอเมือง จังหวัดพิษณุโลก พลตรีสุภโชค ธวัชพีระชัย รองแม่ทัพภาคที่ 3 พร้อมด้วย นายไพบูลย์ ณะบุตรจอม รองผู้ว่าราชการจังหวัดพิษณุโลก ร่วมกันชี้แจงข้อเท็จจริงการก่อสร้างศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช เนื่องด้วยการอนุรักษ์และพัฒนาพื้นที่พระราชวังจันทน์ได้เริ่มดำเนินการมาตั้งแต่ปีพ. ศ. 2553 โดยมีการลงนามบันทึกข้อตกลงร่วมมือกันอนุรักษ์และพัฒนาโบราณสถานพระราชวังจันทน์และพื้นที่โดยรอบ โดยมีกรมศิลปากร มูลนิธิเย็นศิระเพราะพระบริบาล กองทัพภาคที่ 3 และบริษัท ปตท. สำรวจและผลิตปิโตรเลียมจำกัด(มหาชน) ร่วมลงนามในบันทึกข้อตกลงเมื่อวันที่ 25 มกราคม 2553 มีจังหวัดพิษณุโลกโดยผู้ว่าราชการจังหวัดเป็นสักขีพยานในการลงนาม ทั้งนี้บริษัท ปตท. ได้สนับสนุนงบประมาณจำนวน 72 ล้านบาท
สำหรับการพัฒนาพื้นที่โบราณสถานจำนวน 10 แผนงาน ปัจจุบันได้ดำเนินการเสร็จเรียบร้อยแล้ว ต่อมาได้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการอำนวยการกำกับดูแลการอนุรักษ์และพัฒนาพระราชวังจันทน์และศูนย์ประวัติศาสตร์พระราชวังจันทน์ประกอบด้วย ทุกภาคส่วนทั้งภาครัฐและภาคเอกชนได้แก่ ผู้แทนกองทัพภาคที่ 3 มูลนิธิเย็นศิระเพราะพระบริบาล กรมศิลปากร บริษัท ปตท. สำรวจการผลิตปิโตรเลียมจำกัด(มหาชน) องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ศิษย์เก่าโรงเรียนพิษณุโลกพิทยาคมในการพัฒนาพระราชวังจันทน์โดยกำหนดแผนงานโครงการอนุรักษ์และพัฒนาพื้นที่โบราณสถานพระราชวังจันทน์จำนวน 13 แผนงานดังนี้ 1.การก่อสร้างพระตำหนักสมเด็จพระนเรศวรมหาราชพระราชวังจันทน์ 2.การสร้างหอพระบริเวณสักสองพี่น้อง 3. การปรับปรุงอาคารอนุรักษ์ 1 4 .การปรับปรุงอนุรักษ์ 2 5. การสร้างลานจอดรถ 6. ประตูทางเข้า 7. การก่อสร้างป้ายทางเข้า 8. การสร้างเส้นทางจักรยาน 9. การปรับปรุงอาคารศูนย์ประวัติศาสตร์ภายนอกและการจัดแสดงเทศกาลภายใน 10. ป้ายโบราณสถาน 11. การสร้างร้านจำหน่ายสินค้า 12. การสร้างห้องน้ำ 13. การปรับภูมิทัศน์โดยรอบบริเวณโบราณสถานราชวังจันทน์
สำหรับการสร้างศาลสมเด็จพระนเรศวรหนังใหม่เป็น 1 ใน 13 แต่งงานนั้นโดยมีแนวความคิดจะทำการก่อสร้างศาลสมเด็จพระนเรศวรหลังใหม่ที่มีความสวยงามมีสิ่งอำนวยความสะดวกให้กับผู้ที่มาสักการะได้ทุกเพศทุกวัยรวมถึงผู้พิการเนื่องจากศาลสมเด็จพระนเรศวรหลังเดิมมีพื้นที่สักการะน้อยคับแคบคณะกรรมการได้มีการร่วมกันพิจารณาแบบและมีการกำหนดแผนงานในการปรับภูมิทัศน์โดยรอบซึ่งในแผงงานนั้นไม่มีการรื้อศาลสมเด็จพระนเรศวรหลังเดิม การปรับภูมิทัศน์ได้ออกแบบให้มีความสอดคล้องสวยงามระหว่างศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราชหลังเดิมกับศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราชหลังใหม่ซึ่งอยู่ในแผนงานที่ 13
โดยการกำหนดแบบของศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช (หลังใหม่) คณะกรรมการได้มีความคิดเห็นว่า ควรมีการสอบถามความคิดเห็นจากประชาชนในพื้นที่จังหวัดพิษณุโลก จึงได้ใช้โอกาสในการจัดกิจกรรมเปิดโครงการอนุรักษ์และพัฒนาพื้นที่โบราณสถานพระราชวังจันทน์ เมื่อวันที่ 2 เมษายน 2558 จัดทำประชามติ สรุปผลการสำรวจแบ่งตามกลุ่มอายุ ทุกกลุ่มเห็นด้วย ดังนี้– อายุ 15– 30 ปี : เห็นควรให้ดำเนินการสร้างและพัฒนาต่อไป เพื่อจะได้
เป็นแหล่งท่องเที่ยวและเป็นแหล่งข้อมูลทางประวัติศาสตร์ที่สำคัญของประเทศ
– อายุ 31 – 50 ปี : เห็นควรให้ดำเนินการสร้างและพัฒนาต่อไป โดยขอให้ปรับปรุงภูมิทัศน์ให้ร่มรื่นมากขึ้น ขอให้มีลานจอดรถที่เพียงพอ มีแสงสว่างที่เพียงพอสำหรับการจัดกิจกรรมในเวลากลางคืน ซึ่งนอกจากจะทำให้มีความสะดวกมากขึ้นแล้วยังทำให้เกิดความสง่างามมากขึ้นด้วย
– อายุ 51 ปี ขึ้นไป : เห็นควรให้ดำเนินการสร้างและพัฒนาต่อไป โดยขอให้ปรับปรุงภูมิทัศน์ทั้งหมด เพื่อให้เป็นแหล่งท่องเที่ยวทางด้านประวัติศาสตร์ ขอให้ออกแบบอาคารแบบย้อนยุค และ เมื่อดำเนินการสร้างเสร็จเรียบร้อยแล้ว ขอให้มีผู้ที่รับผิดชอบสถานที่อย่างชัดเจน 
จากนั้น คณะกรรมการอำนวยการกำกับดูแลการอนุรักษ์และพัฒนาพระราชวังจันทน์ และศูนย์ประวัติศาสตร์พระราชวังจันทน์ ได้มีหนังสือถึงกรมศิลปากรเพื่อเข้าดำเนินการตามโครงการ
13 แผนงาน ซึ่งกรมศิลปากรมีหนังสือตอบกลับให้ดำเนินการได้ โดยมีเงื่อนไขว่า หากคณะกรรมการมีความประสงค์จะก่อสร้างอาคารใหม่ อนุญาตให้ก่อสร้างได้โดยให้อยู่ในพื้นที่ขอบเขตลานที่มีอยู่เดิม และจัดส่งรูปแบบรายการให้กรมศิลปากรพิจารณาอนุญาตอีกครั้ง
คณะกรรมการอำนวยการกำกับดูแลการอนุรักษ์และพัฒนาพระราชวังจันทน์ และ
ศูนย์ประวัติศาสตร์พระราชวังจันทน์ ได้เสนอแบบการก่อสร้างไปยังกรมศิลปากร และมีการปรับแก้รูปแบบมาโดยตลอด จนกระทั่งล่าสุด อธิบดีกรมศิลปากรได้มาตรวจ
โดยขอแก้ไขปรับแบบโดยตัดปรางค์ออก และลดขนาดความยาวของตัวศาลลง เนื่องจากด้านซ้ายด้านขวา จะไปชนกับกำแพงแก้ว ซึ่งทุกครั้งที่มีการปรับแก้จะมีคณะกรรมการวิชาการเพื่อการอนุรักษ์โบราณสถานของสำนักสถาปัตยกรรมกรมศิลปากรเป็นผู้พิจารณาแบบ โดยล่าสุดแบบที่สร้างปัจจุบัน ได้รับการปรับแก้ และผ่านความเห็นชอบจากคณะกรรมการวิชาการเพื่อการอนุรักษ์โบราณสถาน และได้รับอนุมัติแบบโดย นายอนันต์ ชูโชติ อธิบดีกรมศิลปากร เมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม 2560 ทางคณะกรรมการอำนวยการกำกับดูแลการอนุรักษ์และพัฒนาพระราชวังจันทน์ และศูนย์ประวัติศาสตร์พระราชวังจันทน์ ได้มีหนังสือขออนุญาตเข้าดำเนินการก่อสร้างในพื้นที่โบราณสถานพระราชวังจันทน์ และกรมศิลปากรมีหนังสืออนุญาตให้เข้าดำเนินการก่อสร้างในพื้นที่โบราณสถานพระราชวังจันทน์ได้
ปัจจุบันโครงสร้างหลักของศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ในส่วนที่ กองทัพภาคที่ 3 ดำเนินการจากงบบริจาค ได้ก่อสร้างเสร็จเรียบร้อย สำหรับงานประดับตกแต่งศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช โดยใช้งบประมาณตามแผนงานบูรณาการเสริมสร้างความเข้มแข็งและยั่งยืนให้กับเศรษฐกิจภายในประเทศ โครงการพัฒนาศักยภาพท่องเที่ยวและบริการแบบบูรณาการ เป็นการดำเนินการของจังหวัดพิษณุโลก โดยกรมศิลปากร (สำนักศิลปากรที่ 6 สุโขทัย)
สำหรับการดูแลมูลนิธิพระราชวังจันทน์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช ซึ่งได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม 2558 เพื่อให้มีองค์กรจัดหาทุนทรัพย์สำหรับการกุศล รวมถึงสนับสนุนโครงการอนุรักษ์และพัฒนาพื้นที่โบราณสถานพระราชวังจันทน์ อันเป็นสาธารณประโยชน์ต่อส่วนรวม อีกทั้งพื้นที่พระราชวังจันทน์อยู่ในเขตปกครองของจังหวัดพิษณุโลก มีการใช้งบประมาณของจังหวัดในการปรับปรุง และให้เป็นประโยชน์แก่ประชาชนชาวพิษณุโลก ในการประชุมคณะกรรมการมูลนิธิพระราชวังจันทน์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช เมื่อวันที่ 24 เมษายน 2561 ได้มีมติ ให้จังหวัดพิษณุโลกเป็นหน่วยงานรับผิดชอบ โดยมีผู้ว่าราชการจังหวัดพิษณุโลก เป็นประธานกรรมการมูลนิธิ โดยตำแหน่ง
